Bioindikátorem mohou být vyšší rostliny, mechorosty, lišejníky, houby, řasy a sinice, suchozemští obratlovci, ryby nebo hmyz i ostatní bezobratlí. Bioindikátor je tedy živý organismus nebo společenstvo organismů, z jejichž přítomnosti, kondice či chování je možno usuzovat na přítomnost určitého faktoru prostředí i na stav a změnu prostředí. Bioindikátory lze dělit na:

1. hlídky (sentinely) – citlivé organismy, které do prostředí zavádíme úmyslně, aby ukazovaly jeho okamžité změny
2. detektory – organismy, které se vyskytují přirozeně a reagují na změny prostředí
3. exploatátory (vykořisťovatelé) – organismy, jejichž přítomnost signalizuje narušení a znečištění prostředí
4. akumulátory (hromadiči) – organismy, které přijímají a hromadí chemické látky