DAPHNE ČR se zabývá přípravou metodických dokumentů týkající se problematiky ochrany přírody. Máme zkušenosti se zpracováním rešerší a analýz na různá témata, jako jsou např. managementové postupy při péči o specifická území a biotopy, kategorizace vodních toků ve vztahu k potenciálu využití pro výstavbu malých vodních elektráren apod.